朱棣早知道削藩会削到自己头上，但是没想到建文帝削的那么快，手段这么狠。当提前得知朝廷要逮捕自己的消息后，作为众藩之首且实力强悍的朱棣决定不再隐忍，与幕僚姚广孝等人谋划举兵事宜，并在逮捕朱棣的朝廷官员到达北平以后正式起兵，至此燕王朱棣与建文帝彻底决裂。
朱元璋钦定的太子朱标英年早逝以后，按理说新的皇位继承人应该从其他皇子中产生，但是朱元璋出人意料的把朱标的儿子朱允炆定为他的接班人，这本就引起了众皇子的不满，尤其是野心和实力最强燕王朱棣，但是迫于朱元璋的威慑和对大哥朱标的深厚感情，朱棣也没有做出什么过分的举动。不过众藩王的势力毕竟太大，朱元璋也知道自己驾崩朱允炆恐难以驾驭，担心自己驾崩以后诸王趁来京治丧期间作乱谋反，所以，留遗诏，不许诸王“入临、会葬”。可以说为了朱允炆能稳坐皇位朱元璋真是操碎了心，但是朱允炆却没有领会朱元璋的良苦用心，非但没有好好安抚他的藩王叔叔们，反而在刚登基即位，龙椅都没捂热，就开始招惹他们，与兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄商议削藩之事，而且是说干就干的那种，大刀阔斧的进行削藩。
作为朱元璋亲封的藩王，而且在封地已经过惯了荣华富贵，耀武扬威的王爷生活，面对自己侄子毫不留情的削藩政策，自然都难以接受，但最初削的几个藩王都是没有什么实力的软王爷，所以削到他们的时候要么接受，要么不愿受辱选择自杀。可是当削藩削到实力和能力都在众藩之首的朱棣头上时，可就没那么容易了。从朝廷的角度来说，朱棣没有犯过什么过错，而且一直戍边卫国，还是有大功于朝廷的;从他们皇族关系来说，朱棣是建文帝的亲叔叔，朱标在世时都对他们众兄弟关爱有加，朱允炆作为一个侄子，能对你俯首称臣就已经够尊重你了。现在你削藩削的我们没有活路，你不仁就别怪我们不义了，是你逼我反，我不得不反。
朱棣就这样反了，关键他反的还有正当理由，为什么这样说呢?这还要从朱元璋的深谋远虑说起，朱元璋当初分封诸子为藩王的时候，留有关于藩王的成法，其中就有一条是关于“靖难”的。具体的就是他在《皇明祖训》中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧”，朱元璋担心朝中奸臣作乱，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利。现在建文帝在黄子澄和齐泰的怂恿下，违反先皇的意志，火急火燎的举削藩之策，都把藩王们逼的走投无路了，不正是朝中有奸臣的时候吗?于是，朱棣就竖起”清君侧，靖国难“的大旗，与建文帝兵戈相见，靖难之变的大幕由此拉开。。
燕王朱棣的造反之路，其实也离不开朱元璋的错误制度和思想指导，这其中的最直接和明显的根源就是朱元璋为后世子孙立下的皇明祖训了。
皇考建洪业之艰难，望陛下保洪业于永远，遥仰天门敬摅愚恳，惟陛下念之。臣又窃计奸权之党，必已蟠结深固，恐陛下未易除之伏睹。祖训有云如朝无正臣内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王统领镇兵讨平之。臣谨俯伏俟命惟，陛下念之念之既发书讫。
这是朱棣打着“清君侧”的口号，发动靖难之役时发表的檄文。朱棣是朱元璋的第四子，是驻守北平的燕王，位高权重。当时的天子是朱元璋的皇长孙朱允炆，朱棣的亲侄子。
朱棣又称永乐大帝，是一位雄才大略的君主，1399年，朱棣借口建文帝朱允炆身边出现奸佞之臣齐泰、黄子澄澄，从北平起兵，南下争夺皇位。建文帝的皇位名正言顺，朱棣为何敢冒天下之大不韪，以藩王的身份起兵反叛朝廷?
那是因为朱元璋生前制定了一条祖训，本意是为了巩固朱氏王朝，没想到成为朱棣争夺皇位的利剑。那么朱元璋为什么要制定这一祖训?朱棣又是如何祖训篡夺建文帝的帝位?
自西晋“八王之乱，五胡乱华”之后，分封制度导致诸王割据，对抗中央政府，威胁皇权的弊端已经成为历代统治者的共识。从那以后，隋、唐、宋、元朝都不再实行分封制度。但是朱元璋建立明朝之后，却反其道而行之，大封诸侯王。
“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民。今储子既长，宜各有爵封，分镇诸国。朕非私其亲，乃遵古先哲王之制，为久安长治之计。”
朱元璋最开始的想法是：中央有皇帝坐镇，直接掌管和统领，地方有藩王坐镇，协助中央管理，内外相辅，保证朱氏王朝天下万世一系。朱元璋分封诸王并没有错，当年刘邦和司马炎也是这么想的，但是朱元璋和他们犯了同样一个错误，那就是给藩王的权力过大，最后导致尾大不掉。
《明史·卷一百十六·列传第四》：明制，皇子封亲王，授金册金宝，岁禄万石，府置官属。护卫甲士少者三千人，多者至万九千人，隶籍兵部。
这只是藩王的标配，实际上，在朱元璋时期，藩王的配置远远高于这个标准。朱元璋推翻元朝统治后，元朝残余势力远遁蒙古草原，但是他们对明朝北部边境的威胁并没有消除。在朱元璋分封的二十三位藩王中，就有九位驻扎北部边塞，称为“塞王”。这些“塞王”平时的职责是修建卫所、屯田、训练军队、以及进行军事部署等。
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