今人对这段“削藩”过程颇多非议，认为既然削藩的主要对象是燕王朱棣，就该从一开始直捣黄龙，先将朱棣削藩，而照黄子澄的方式，实为“先易后难”，到头来朱棣毫发未损，各藩国却被“得罪光”。
这个此时捷报频传的过程，素来被看做建文帝的败笔之一。
而在这之间，两次可以拘捕朱棣的机会皆被他放过，更令后人指摘不已，称之为“天予不取，必受其咎。”
但仔细观其过程，朱棣两次觐见，第一次是诸藩王人心惶惶时，恰如齐泰所言：“擅扣燕王，恐激诸藩众怒”。
第二次朱棣两皇子觐见时，黄子澄谏道“放归二子，以德化感燕王，可成陛下美名。”
在轻易不愿酿成兵灾的建文帝眼里，这必然成为他的第一选择。
而说到“先易后难”的削藩选择，对于行事力求稳妥的建文帝来说，也是必然会采纳的。
但对照之前的汉朝“七国之乱”，以及后世的清朝“三藩之乱”，我们不难看到建文帝的最大“错处”。
三次“削藩”，共同的道理只有一句话：削亦反，不削亦反。既是无可回避的战争，最重要的自然是战争准备，而这，恰是建文帝，及其“师傅”们最大的疏漏。
直到战争打响后，建文帝还反复告诫前线诸将，不要伤害朱棣，原因是“勿使朕有杀叔之名”。实在是让人哭笑不得。
三、长兴侯耿炳文
明建文元年(公元1399年7月)，燕王朱棣在北平举兵造反，以“清君侧”为口号，拉响了持续三年的“靖难之役”的大幕。大战骤起，朱棣先声夺人，先败宋忠的三万精兵，继而连克云中，开平，怀来，上谷，永平，皆是建文帝事先安排的牵制朱棣的“防区”，此时尽皆攻克，如雷轰顶的建文帝，也迅速做出了反应，派出了以长兴侯耿炳文率领的三十万“中央军”，出师讨伐。由此牵出了朱元璋为建文帝做的最后一个苦心安排——长兴侯耿炳文。耿炳文，凤阳人，淮西旧将的老班底，大明开国功臣，靖难之役爆发时，时年六十五岁，可谓久经沙场。在漫长的三年靖难之役中，他留给历史的只有短短一瞬，但他却一度是最有可能改写朱允炆命运的人。之所以这样说，还是由于他的作战特点---擅守。
朱元璋争天下时，他曾受命镇守江苏长兴达十年，其间数次以少胜多，击败朱元璋劲敌张士诚的疯狂进攻。也因战功为封为长兴侯。
在朱元璋麾下的各路英杰，乃至彼时中国的将领中，他是最擅打防御战的人，他不仅防御经验丰富，且军事思想卓越，其提出的“以战车克胡骑”的作战思路，在明朝中后期被戚继光，俞大猷，孙承宗等人发扬光大，成为明军的主战法。
朱元璋留下他的苦心正在于此：一旦国家有事，一个耿炳文就足够镇守边关。
而从靖难之役的局面看，大势更是清楚，起兵造反且部队多骑兵的朱棣，最大的特点是擅攻，最有利的局面是速战，一旦战局拖向相持乃至寸步不前，就是朱棣的灭顶之灾。对于耿炳文乃至建文帝来说，平乱的方式很简单---守住，便是胜利。
但急于求成的建文帝给耿炳文的命令却是“火速堪乱”。
接着同年九月，耿炳文率军在河北真定与朱棣激战，朱棣先以夜袭的方式，相继歼灭耿炳文属下的潘雄，杨忠部，出战遇挫的耿炳文收缩兵力，死守真定，数次击退朱棣的进攻，终将局面拖入对“中央军”有利的相持战轨道。
岂料后院起火，建文帝闻败报后大怒，申斥耿炳文“一战而摧锋”，于同年十一月派已故曹国公李文忠之子李景隆接替耿炳文，率五十万大军北征朱棣。
这个本可建立平叛奇功的老将，就这样告别了靖难之役的舞台。两年后，坐稳江山的朱棣，以“擅用宫廷物品违制罪”，将之赐死。
虽然，建文帝的统治生涯不长，但史学界对这位年轻皇帝的评价普遍较高。清朝时期的史学家徐元文更是指出，倘若没有发生“篡逆之乱”，建文帝肯定会成长为一个保境安民的明君，能够为大明朝带来盛世之治。
那么，为什么包括徐元文在内的一众史学家会有这样的“预测”呢?
应该是他们在“建文新政”中看到了朱允炆成为“有为之君”的潜质。所谓“新政”，其实，就是王朝站稳脚跟后不可或缺的“文治”。朱元璋施行了一系列铁血政策，让朝野上下一片风声鹤唳，所以，必须有一位继任者站出来重文兴儒，以“仁治”消弭先帝为巩固政权所造成的不利影响。
建文帝上台后所做的第一件事，就是为当年的各种“冤案”平反。我们知道，洪武时期曾发生过许多具有屠杀性质的大清洗，不少遭到屠杀的名臣之后，都受到了牵连。朱允炆不但替那些冤死的人洗清冤屈，还将那些被流放到不毛之地的能臣重新调度回京城，加以重用。
此外，朱允炆还主持修订了《大明律》，将许多不合常理的内容加以修改，删除了许多严刑峻法。最微妙的是，朱允炆不忘改变官场格局，潜移默化地提高“自己人”的地位。例如，朱允炆提高了六部尚书的职级，由二品提高到了一品。是以黄子澄、方孝孺、齐泰三人得以上位，成为皇帝身边的“内阁元老”。
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