情报总部负责人为情报总长辛洛、情报次长高文龙，负责国内外军事情报以及各种间谍活动。辛洛一直以来负责情报，而高文龙则是曹跃留在西北的重要情报负责人，负责保护曹跃的根基甘肃与陕西的情报安全，这一次算是终于出头了，走向了台面上。
宪兵总部负责人为宪兵司令吴殿英、副司令刘冠雄，负责皇家禁卫军军法军纪方面，并负责对外军礼仪形象方面。其中刘冠雄是海军出身，从海军联合舰队司令一跃官升一级成为宪兵总部副司令，这其中的调令耐人寻味了，或许与他当初在东京湾的时候，并没有执行曹跃要求炮击东京的抗命事件有关。
后勤总部负责人为武装司令丛晨，副司令陈开天，负责后勤保障、弹药储备、军事研发、武器生产、军事运输保障、物资调配等各方面内容，是帝国皇家禁卫军的最大依仗，而一直以来受到曹跃新任的丛晨和陈开天两位老兄弟坐镇后勤总部，也彰显了曹跃对后勤的重视程度。此外，后勤总部还兼具军事教育以及预备役士兵征调、征兵、抚恤、资金使用等方面的工作，如果说权力最大的是指挥总部，那么毫无疑问最有钱的部门就是后勤总部了。
陆军总部负责人为陆军总长严东，陆军次长李亮，负责全国陆军调配指挥、训练、运输、发展等各方面工作，表面上指挥总部的权力大于陆军总部，但是陆军总部却有一个指挥总部所不具备的天然功能，那就是指挥权。指挥总部为陆军方面所做出的一切战争方案，必须由陆军总部来下达，陆军总部觉得指挥总部的方案有问题，可以直接拒绝。当然，至于拒绝之后双方是不是撕破脸面大打出手，这就要看曹跃在其中的作用了。总之，曹跃通过指挥总部来控制军队的指挥权，又通过陆海军总部来反控制指挥权，充分让二者即有矛盾之处又需要配合，来彰显帝国皇帝曹跃在其中的作用。
而对于海军总部来说，曹跃也同样这样安排，同时海军总长的人选曹跃出乎预料地选择了此前并不被人看好的李准、海军次长由邓从功来担任，中国海军联合舰队整编为中华帝国皇家海军北洋舰队、中华帝国皇家海军南洋舰队、中华帝国海军太平洋舰队三支舰队，三支舰队司令分别为林国祥、蔡廷干、李准。这其中中华帝国皇家海军太平洋舰队是主力舰队，太平洋舰队基地设在台湾基隆，除了负责台湾安全，打击海盗走私外，还负责监视日本、巡视关岛、北马里亚那群岛等中国海外领土。中华帝国皇家海军北洋舰队基地为旅顺、负责中华帝国北方海域安全，打击海盗走私，并负责横穿蒙古海（即日本海）巡视库页岛，千叶群岛等海外殖民地。中华帝国皇家海军南洋舰队基地设在广东湛江，负责保护中华帝国南方海域安全，打击海盗走私，并巡视中国南海，时不时还要去东南亚警告荷兰、英国、法国、美国殖民地，防止中国在东南亚的侨民受到危险，必要时可以动用武力屠杀南亚土人以震慑。
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